De medezeggenschapsraad (MR) van het Beekdal Lyceum bestaat uit 12 leden: 6 leden gekozen uit het personeel en 6 leden gekozen uit de leerlingen en de ouder(s)/verzorger(s).

De leden van de MR kiezen uit hun midden een voorzitter en een secretaris die de vergaderingen leiden en voorbereiden. In principe wordt men gekozen voor een zittingsduur van drie jaar die eventueel kan worden verlengd.

De school stelt jaarlijks budget beschikbaar voor voorzieningen: onkostenvergoeding en scholing. Een en ander is geregeld in een huishoudelijk reglement. De MR komt maandelijks bij elkaar met de schoolleiding. De schoolleiding wordt vertegenwoordigd door de rector.