Het Beekdal Lyceum kent een aantal waardevolle samenwerkingsverbanden.
Zo werkt de school nauw samen met ArtEZ hogeschool voor de kunsten in het kader van de Vooropleidingen Dans en Muziek. Ook met Vitesse is er een sterk samenwerkingsverband met betrekking tot de jeugdopleiding, de Vitesse Voetbal Academie, en met TeamNL centrum Papendal ten aanzien van de combinatie studie en topsport.
De school participeert in het Expertisecentrum voor Onderwijs & Topsport (EVOT). Het Beekdal Lyceum neemt verder deel aan het Platform VO-HO (aansluiting VO met hoger onderwijs), het samenwerkingsverband PO-VO (aansluiting basisonderwijs en VO) en het Samenwerkingsverband V(S)O 25.06 (Passend Onderwijs).